En 2008 el MUPI ingresó al Banco de Buenas Prácticas de Cultura para el Desarrollo (AECID); y su fundador, Carlos Henríquez Consalvi recibió en enero de 2009 el Premio Internacional de Cultura Prince Claus. En 2010 le fue otorgado el Premio Ford al juego didáctico sobre cultura ancestral indígena “Los Izalcos”; así como el Il Premio Iberoamericano en Educación y Museos. Entre 2013 y 2017 integró al Comité Regional de América Latina y el Caribe del Programa Memoria del Mundo de la UNESCO-MOWLAC. En el año 2017 recibió el Premio Iberoamericano de Educación en DDHH Monseñor Óscar Arnulfo Romero. En 2019 se le confirió el Intercultural Innovation Award otorgado por Alianza de Civilizaciones de Naciones Unidas y BMW. En 2020 le fue entregado el Premio Ibermuseos en Educación, por “Memorias de la Pandemia”.